Die meisten der gotischen Glasfenster blieben von der Barockisierung der Kirche unberührt und haben den letzten Krieg unzerstört überstanden. Die einzigartigen Glasbilder erzählen ihre bunten Geschichten aus der Bibel oder den Heiligenlegenden, je nach Patrozinium der dazugehörigen Kapelle. Einige Scheiben stammen noch aus der alten Marienkirche, die an gleicher Stelle stand; manche kamen aus der Salvatorkirche in den Dom. Sie alle gehören zu den wirklich bedeutenden Kunstschätzen der Kirche.

Mitnahme eines Fernglases oder Opernglases empfehlenswert.